Projekt mora biti jasno predstavljen, da odgovarja na vsa ključna »vprašanja« oz. kriterije javnega razpisa, prav tako pa je pomembno, da podjetje prijavlja projekte, katerih izvedbo so v svojih razvojnih načrtih že upoštevali, sofinanciranja na javnem razpisu pa predstavlja le dodatno spodbudo in možnost za hitrejšo realizacijo.
Ko podjetje odda vlogo na javni razpis, pogosto traja tudi dva meseca ali več, preden so objavljeni rezultati ocenjevanja vlog. Pri nekaterih razpisih se lahko izvedba projekta prične že ob oddaji vloge, medtem ko je pri drugih potrebno počakati na pozitiven sklep, oz. sklep o odobrenem sofinanciranju projekta. Temu sledi podpis pogodbe s financerjem, v kateri so določene jasne obveznosti organa, ki bo projekt sofinanciral ter izvajalca projekta, kateri bo nepovratna sredstva pridobil. Financiranje projektov je zmeraj namensko, kar pomeni, da morajo biti stroški, ki bodo nastali tekom projekta jasno opredeljeni že v sami vlogi. V vlogi je potrebno priložiti ponudbe izvajalcev ter njihovo vrednost – z izbranimi ponudbami mora podjetnik slediti načelu gospodarnosti in tako zagotavljati racionalno porabno javnih sredstev. Realiziran projekt mora biti skladen s projektnim predlogom, tako v vsebinskem kot finančnem smislu.
S prvimi naročili opreme ali drugimi izvedenimi aktivnostmi se prične izvedba projekta. Pri sofinanciranih projektih so podjetniki omejeni z roki, in sicer lahko gre za enoletne ali večletne projekte, odvisno od narave razpisa. Obdobje upravičenosti nastanka stroškov je natančno določeno v pogodbi, zato so stroški, ki nastanejo izven teh okvirjev neupravičeni. Stroški morajo biti jasno vodeni v računovodskih izkazih podjetja, na ločenem stroškovnem mestu, ter morajo biti vsak trenutek preverljivi in dokazljivi - nepovratna sredstva niso namenjena ustvarjanju dobička podjetja, temveč izključno sofinanciranju stroškov projekta. Ob zaključku projekta mora izvajalec dokazovati doseganje zastavljenih ciljev. Ravno v tej fazi se pokaže, kako pomembno je, da so cilji realno načrtovani, saj njihovo nedoseganje lahko pomeni tudi neizplačilo oz. vračilo nepovratnih sredstev.
Ob zaključku projekta je potrebno podati vsebinsko in finančno poročilo, kjer so podobno opisani doseženi cilji projekta (morajo biti merljivi), hkrati pa je potrebno dokazati celotno financiranje projekta. S tem namenom je potrebno natančno voditi stroške, ter kot dokazila hraniti račune, potrdila o nakazilu sredstev dobaviteljem, prevzemnice opreme, plačilne liste (v kolikor so sofinancirani stroški plač), dnevnike aktivnosti in druge dokumente, ki so zahtevani po pogodbi. S tega vidika je vsebinsko in finančno vodenje izjemno pomembno, zato te vloge izvajalec ne sme zanemariti, čeprav lahko zahteva veliko vloženega truda in časa.
Pozabiti pa ne smemo niti na letna poročila, ki sicer niso obsežna, vendar jih mora prejemnik sredstev financerju posredovati še nekaj let po zaključku projekta. Tudi letna poročila so vezana na roke, ki so vnaprej določeni in se jih mora sofinancer držati.